Секретариат Национальной комиссии КНР по делам ЮНЕСКО, находящийся в Министерстве образования, отвечает за координацию и содействие сотрудничеству  членов-организаций комиссии и других ведомств и организаций с ЮНЕСКО в области образования, науки и культуры; осуществление внешних контактов со штаб-квартирой ЮНЕСКО, подразделениями ЮНЕСКО в различных регионах и национальной комиссии государств-членов.